Dalam proses pengolahan air baku menjadi air bersih, PALYJA memiliki 2 unit instalasi pengolahan air utama yakni Pejompongan I dan Pejompongan II, sedangkan 2 unit instalasi pengolahan air tambahan yakni Cilandak dan Taman Kota. Setiap unit instalasi pengolahan air bersih dilengkapi dengan fasilitas pompa dan penampungan.

Selain mengolah air baku, PALYJA juga memperoleh air curah olahan yang dipasok oleh pihak ketiga. Air bersih dipasok melalui jaringan pipa ke pusat distribusi PALYJA yakni DCR 4 yang berada di Kebon Jeruk dan DCR 5 di Lebak Bulus. Kedua pusat distribusi tersebut dilengkapi dengan penampungan air (reservoir) dan stasiun pompa.

Kapasitas produksi dari masing-masing instalasi adalah:

Pejompongan I : 2.000 liter/detik
Pejompongan II : 3.600 liter/detik
Cilandak : 400 liter/detik
Taman Kota : 200 liter/detik

Sejak Maret 2007, Instalasi Taman Kota tidak beroperasi karena adanya masalah dengan kualitas air baku

DCR 4 Kebon Jeruk : 2.000 liter/detik
DCR 5 Lebak Bulus : 1.000 liter/detik

Instalasi Pengolahan Air (IPA) Pejompongan memasok sekitar 60,85% suplai air di wilayah sebelah Barat Jakarta, 4.30% suplai air diperoleh dari IPA Cilandak dan sisanya sebesar 34.85% suplai air diolah di DCR 4 dan DCR 5